“狼叔”休·杰克曼担任男主角,前作中的“汉尼拔”安东尼·霍普金斯回归,主演还包括奥斯卡最佳女配劳拉·邓恩,以及曾被提名奥斯卡最佳女主角的“白寡妇”凡妮莎·柯比。另一方面,柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时,柯南接到来自冲矢昂(赤井秀一)的电话,被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相,柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中,进入设施内部。之后,在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内,发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架,而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里……